员工工资扣税的计算方法遵循以下步骤：全月应纳税所得额 = 工资薪金所得 - 五险一金 - 个税起征点。根据全月应纳税所得额的不同区间，应用相应的税率和速算扣除数进行计算。应纳税额 = （工资薪金所得 - 五险一金 - 个税起征点） × 适用